分子動力学計算によるタンパク質の機能解析

計算生命科学の基礎Ⅱ 「分子動力学計算によるタンパク質の機能解析」 計算科学的手法の一種であり、古典力学に基づいて分子の動きをシミュレーションする分子動力学（MD）計算について、その基礎理論と計算方法を概説する。また、タンパク質を対象とした分子動力学シミュレーションを行う上で必要となる背景知識（特に、力場の取り扱い）や、計算手順、および解析法を紹介する。さらに、分子動力学計算の応用例として、タンパク質と低分子化合物との結合強度予測法（MP-CAFEE）および拡張サンプリングシミュレーションについて、実例を用いて紹介する。